Tengo un disco duro de 120 gb y otro de 320, pero me dice que ya no me queda espacio. He sumado los archivos a mano y con el Folder Size y sólo me sale la mitad de los gb. He puesto en Herramientas, ver los archivos ocultos, pero no he detectado nada especial. He buscado virus tipo gusano pero nada ¿alguien me puede decir dónde están mis gb?

Verifica el espacio libre dentro de Mi PC, si aun así tienes demasiado espacio libre entonces lee el siguiente KB:

http://support.microsoft.com/kb/112509