Tenía dos particiones en mi disco duro, y decidí formatear, algo de rutina, ya tenia como 6 meses que no lo hacia, El sistema operativo (winXP) estaba en la unidad D: y mis archivos estaban en C:

Al instalar el Windows ahora en la unidad C: formatee a profundidad y la unidad D: quedo con el otro Windows, termine la carga y cuando ya había cargado, formatee la unidad D:, al quedar esta limpia y la C: recién instalada, reinicie y al iniciar, después del BIOS, me sale una pantalla negra donde me da a elegir dos sistemas operativos, el recién cargado en C: y el antiguo en D:, pero en D: ya esta en blanco, si le do en D: me dice que no se encuentra ningún sistema, pero me sigue mostrando que hay uno en D: si le doy en el C: entra perfectamente y D: esta en blanco

Como puedo eliminar esa pantalla, ya trate pasándole el CHKDSK /r para eliminar o reparar archivos del Sist., pero no hace nada, sigue igual, alguien sabe como quitar esos dos sistemas de la pantalla después de cargar el BIOS?

Hola, puedes modificar manualmente el archivo de opciones de inicio. Lo puedes hacer desde Windows XP:

1. Haz clic en el botón Inicio y luego en Panel de Control
2. A continuación haces doble clic sobre el icono Sistema
3. Clic en la pestaña Opciones avanzadas.
4. Pulsa sobre el botón Configuración que está en la opción de Inicio y Recuperación, te saldrá una nueva ventana en la que debes pulsar sobre el botón Editar y te saldrá el Boot.ini donde debes hacer la modificación.
5. Guardas los cambios, cierras todas las ventanas Aceptando todo y reinicias el PC.

Ten cuidado con lo que haces ya que se puede complicar la cosa.
Suerte.